首先，醫療電商的商業模式難以定位。根據其它行業的電商發展模式來看，無非就是將線下的銷售轉移到線上，通過各種營銷活動找到盈利點，但是醫療電商作為較特殊的行業，關系到用戶健康乃至生命問題，許多消費者都會謹慎對待，因此大多用戶更愿意選擇線下大型醫院找醫生購買藥物，而不愿意隨意通過互聯網購買，這就給電商的商業模式選擇帶來了很大的困惑，在沒有獲得權威的醫療保障之前，醫療電商的商業模式沒有可復制的渠道，難以突破。
      其次，醫療電商利益增長點較慢。和其他電商行業相比，只要發展趨勢向上，利益增長點必然是跟著增長，原因在于其他行業銷售產品可根據銷量，爆款等等來不斷吸引流量，從而帶動銷售。但是醫療行業的用戶目的非常明確，不同的人出現的病理各不相同，對癥下藥才是根本，用戶絕不會因為看到一個多人買而去買與病情毫不相干的藥，由此這類銷售渠道的價值不大，醫療電商發展起來也是異常艱難。
      最后，醫療電商法律管制難。在大多情況下，由于更多的用戶傾向于線下銷售點的消費，醫療電商的發展路徑常常將線下銷售點作為客戶目標，雖然相比起直接面向終端消費者情勢要好得多，但是與商家之間就多了合作制度，這關系到責任歸咎問題，因此醫療電商法律不僅是對商品本身質量的管理，而且還是對這些商家或者醫療機構之間的管理，整個流程下，法律的規范則會變得更加復雜，難度加大，目前來說還未得到解決。
      近年來，雖然醫療電商得到了政府的大力支持，尤其以烏鎮互聯網醫院為代表的醫療電商，在領導人的推舉下，帶動了整個行業的發展，但是真正落實到事件上，需要解決的問題仍有許多，這些痛點也深入行業的心，要想取得本質上的突破，也許還要更長時間。
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